พระพุทธมหามณีรัตนปฏิมากร หรือพระแก้วมรกต มีตำนานและพงศาวดารกล่าวถึงประวัติความเป็นมาหลายกระแส โดยส่วนใหญ่แล้วจะกล่าวถึงทางด้านปาฏิหาริย์เป็นสำคัญ
ในส่วนที่ปรากฏในตำนานของชาวล้านนากล่าวว่า พระแก้วมรกตนั้นสร้างขึ้นที่เมืองปาตลีบุตร ประเทศอินเดีย และได้อัญเชิญไปยังเกาะลังกาและอาณาจักรต่างๆ ได้แก่ พุกาม กัมพูชา ต่อมาได้เข้ามายังดินแดนไทยยังเมืองต่างๆ คือ ละโว้ อยุธยา กำแพงเพชร จนกระทั่งมาถึงอาณาจักรล้านนา โดยค้นพบในเจดีย์องค์หนึ่งในเมืองเชียงรายที่ถูกฟ้าผ่าทลายลงมา ซึ่งก็คือเจดีย์วัดป่าเฮียะหรือวัดพระแก้ว อำเภอเมือง จังหวัดเชียงราย
หลังจากนั้นได้มีการอัญเชิญพระแก้วมรกตเพื่อมาประดิษฐานยังเมืองเชียงใหม่ แต่เกิดปาฏิหาริย์ทำให้พระแก้วมรกตต้องมาประดิษฐานอยู่ที่วัดพระแก้วดอนเต้า เมืองลำปาง จนมาถึงรัชสมัยของพระเจ้าติโลกราช (พ.ศ. 1998-2030) เมื่อคราวที่สร้างวัดเจดีย์หลวงเสร็จแล้ว จึงได้อัญเชิญพระแก้วมรกตจากนครลำปางมาประดิษฐานในจระนำซุ้มด้านทิศตะวันออกของเจดีย์หลวง เมืองเชียงใหม่
ต่อมาในสมัยพระเจ้าไชยเชษฐาธิราช พระอุปราชแห่งอาณาจักรล้านช้าง เคยมาปกครองล้านนาเป็นเวลา 2 ปี (พ.ศ. 2091-2092) เมื่อพระราชบิดาเสด็จสวรรคต พระเจ้าไชยเชษฐาจึงเสด็จกลับไปครองอาณาจักรล้านช้าง พร้อมกับอัญเชิญพระแก้วมรกตไปยังหลวงพระบาง และภายหลังได้ย้ายพระแก้วมรกตไปประดิษฐานยังวัดพระแก้วในนครเวียงจันทน์เป็นเวลากว่า 200 ปี
จนกระทั่งสมัยสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชแห่งกรุงธนบุรี สมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึก ซึ่งต่อมาก็คือพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก ได้อัญเชิญพระแก้วมรกตจากเวียงจันทน์มายังกรุงธนบุรี และเมื่อย้ายเมืองหลวงมาเป็นกรุงเทพมหานครแล้วจึงได้สร้างพระอุโบสถวัดพระศรีรัตนศาสดารามเพื่อประดิษฐานมาจนถึงทุกวันนี้
วัสดุที่ใช้สร้างพระแก้วมรกตนั้นไม่จัดเป็นมรกต แต่เป็นหินสีเขียวชนิดหนึ่ง นักวิชาการทางด้านประวัติศาสตร์ศิลปะได้มีข้อสันนิษฐานเกี่ยวกับการกำหนดอายุพระแก้วมรกตอยู่ 2 ข้อ คือ ข้อแรกเชื่อว่าสร้างขึ้นในอินเดียหรือลังกาและได้อัญเชิญมายังเมืองต่างๆ ตามที่ปรากฏในตำนาน และอีกข้อหนึ่งเชื่อว่าเป็นพระพุทธรูปที่สร้างขึ้นในอาณาจักรล้านนา ซึ่งนักวิชาการส่วนใหญ่จะเชื่อในข้อนี้มากกว่า เนื่องจากลักษณะพุทธศิลป์ของพระแก้วมรกตจัดเป็นพระพุทธรูปปางสมาธิ ประทับนั่งขัดสมาธิราบเหนือฐานหน้ากระดานเกลี้ยง พระพักตร์ค่อนข้างกลม จัดอยู่ในกลุ่มของพระพุทธรูปล้านนาระยะแรกซึ่งมีลักษณะที่สำคัญคือ ขัดสมาธิเพชร พระพักตร์กลม พระรัศมีเป็นตุ่มคล้ายดอกบัวตูม และชายสังฆาฏิสั้นเหนือพระถันตามที่นิยมเรียกว่าแบบเชียงแสนสิงห์หนึ่ง แต่ต่างกันตรงที่พระแก้วมรกตประทับนั่งขัดสมาธิราบ มีชายสังฆาฏิยาวจรดพระนาภี ซึ่งเป็นลักษณะที่ได้รับอิทธิพลศิลปะสุโขทัยเข้ามาผสมแล้ว
ด้วยเหตุผลดังกล่าว นักวิชาการส่วนใหญ่จึงเชื่อว่าพระแก้วมรกตสร้างขึ้นในอาณาจักรล้านนา ช่วงที่ล้านนาเริ่มรับอิทธิพลของศิลปะสุโขทัย สันนิษฐานว่าพระแก้วมรกตน่าจะสร้างระหว่างพ.ศ. 1913-1998 คือราวต้นพุทธศตวรรษที่ 20 และน่าจะเป็นต้นแบบให้กับพระพุทธรูปหินทรายสกุลช่างพะเยากลุ่มที่มีการผสมศิลปะล้านนาระยะแรกและศิลปะสุโขทัยเข้าด้วยกัน
ขอบคุณข้อมูลดีๆ จากหนังสือ "พระพุทธรูปสำคัญและพุทธศิลป์ในดินแดนไทย" ของศาสตราจารย์ ดร.ศักดิ์ชัย สายสิงห์